内拝殿は紀元祭その他重要な祭典に使用され、また特別参拝の拝殿となります。内拝殿の屋根越しに幣殿の千木・鰹木が金色に輝いてそびえて見えます。内拝殿と外拝殿との間には、周囲を廻廊に囲まれた外院斎庭があります。広さは3200m²（約970坪）あり、紀元祭には全国から数千人の参列者で埋めつくされます。